B3Y1 tiếp tục gặp phải một số vấn đề về động cơ nên phải thường xuyên được bảo dưỡng dưới mặt đất. Nó đã tham gia vào giai đoạn đầu của cuộc Chiến tranh Trung-Nhật,[2][3] đặc biệt đạt chính xác cao ở các mục tiêu nhỏ.[1] B3Y sau đó đã từng bước bị loại bỏ khỏi nhiệm vụ chiến đấu, và được thay thế bằng máy bay ném bom bổ nhào Aichi D1A hay máy bay ném ngư lôi Yokosuka B4Y.